Balıkesir Üniversitesi İdari teşkilatının başı olarak her türlü idari görevin yapılmasından ve kontrolünden Rektörlük Makamına karşı sorumlu olan Genel Sekreter; Üniversite idari teşkilatında yer alan birimlerin verimli, düzenli ve uyumlu şekilde çalışmasını sağlayarak, ilgili kanun ve yönetmelik hükümleri ile yönetim kurulu ve senato kararları doğrultusunda görevini yerine getirmektedir.