Balıkesir Üniversitesi Mühendislik Fakültesi, Balıkesir Devlet Mühendislik ve Mimarlık Akademisi’nin fakülte haline dönüştürülmesi ile oluşmuş, lisans düzeyinde eğitim öğretim yapan 4 yıllık bir yükseköğretim kurumudur. Akademi olarak Milli Eğitim Bakanlığı’na bağlı olarak 1976 yılında kurulmuştur. İnşaat ve Makine Mühendisliği bölümleri ile Şubat 1977 tarihinde öğretime başlayan kurum, 25.02.1980 tarihinde Özerk Akademi statüsüne kavuşmuştur.

Yükseköğretim Kanunu ve bu kanun uyarınca çıkarılan 41 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname ve bu kararnamenin değiştirilerek kabulüne dair 2809 Sayılı Kanuna göre yükseköğretim kurumları yeni bir düzenlemeye tabi tutulunca, Balıkesir Devlet Mühendislik ve Mimarlık Akademisi de “Balıkesir Mühendislik Fakültesi” adı altında Uludağ Üniversitesi’ne bağlanmış ve 1982-1983 ders yılından itibaren Fakülte olarak yine İnşaat ve Makine Mühendisliği bölümleri ile öğretimini sürdürmüştür. Fakültemiz 03.07.1992 tarihinde kabul edilen 3837 sayılı kanunun ek 12.maddesine göre de Balıkesir’de kurulan Balıkesir Üniversitesi çatısı altında “Mühendislik Mimarlık Fakültesi” adı ile yer almıştır. 2016 yılında Mühendislik ve Mimarlık fakülteleri ayrılmıştır. Bu tarihten itbaren fakültemiz "Mühendislik Fakültesi" adıyla eğitim-öğretime devam etmektedir.  Sürekli gelişim odağında büyüyen fakültemizde 6 lisans, 8 yüksek lisans ve 3 doktora programı aktif olarak öğrenci kabulü yapmaktadır.

Fakülte, Merkezi Seçme ve Yerleştirme Sistemi ve Yükseköğretime Geçiş Sınavı ile MF ağırlıklı puana göre Elektrik-Elektronik Mühendisliği, Endüstri Mühendisliği, İnşaat Mühendisliği, Makine Mühendisliği, Gıda Mühendisliği ve Bilgisayar Mühendisliği  lisans bölümlerine öğrenci almakta ve bu dallarda mühendis yetiştirmektedir. Yüksek lisans ve doktora programlarına öğrenci kabulleri ilgili yönetmeliklere göre Fen Bilimleri Enstitümüz tarafından her yıl ilan edilmektedir.